6月3日，三大指数开绿盘后陷入震荡，午前出现抬升并成功翻红，午后，指数走弱，纷纷下行跌绿。截至收盘，沪指跌0.36%，报3584.21点，成交4435亿元；深成指跌0.65%，报14761.13点，成交5123亿元；创业板指跌1.27%，报3201.78点，成交1832亿元。两市合计成交9558亿元，北向资金净流入约18亿元。
板块方面，市场轮动继续，上海自贸以惊人涨势领涨板块，沪企改革、进口博览、eSIM、IPv6、国际贸易、白酒、租售同权、煤炭采选、钢铁产业涨幅靠前；工艺商品、HIT电池、MLCC、CAR-T细胞疗法、辅助生殖、转基因、化纤行业、华为汽车等跌幅居前。
个股方面，截至收盘，两市合计1847家上涨，107家涨停；2301家下跌，12家跌停；另外，平盘170家，停牌44家。